O ciclo da cana e o ouro de Minas
Na segunda metade do século XVII, a exploração do ouro em Minas gerais vai mudando a história do Sudeste. Cada espaço geográfico se especializa para atender ao consumo de Minas; ao sudeste litorâneo caberia produzir a aguardente e o açúcar, gerando também outros cultivos de apoio. Nesse período existiram em Ubatuba 19 fazendas-engenhos, produzia-se também anil e fumo para serem trocados por escravos na África. A produção de pesca é intensa(em parte voltada para o mercado mineiro), sobretudo a taínha no inverno e a população chega a 2.000 pessoas, excluídos os negros escravos. De Minas vinha o ouro trazido por tropeiros para embarque em seu porto e a ele chegavam as mercadorias européias que atendiam ao luxo dos senhores coloniais de São Paulo e Minas Gerais.
O ciclo do café e a prosperidade.
Em 1787 o presidente da Província de São Paulo decreta que todas as mercadorias da capitania deveriam ser embarcadas por Santos(Édito de Lorena), medida que ocasionou a decadência da economia da cana e do porto de Ubatuba. A situação só iria melhorar com a abertura dos portos em 1808 e o comércio ganharia novo impulso com o cultivo do café no município e no Vale do Paraíba, que tornou-se economicamente próspero na segunda metade do século. Ubatuba passa a ser o porto exportador da região cafeeira, chegando a receber anualmente cerca de 600 navios transatlânticos. Pela "rota do café" entraram nesse período áureo mais de 70 mil escravos.
