No ano de 1555, o Brasil enfrentou graves problemas com a tentativa de franceses calvinistas de estabelecer uma colônia na região do Rio de Janeiro. Os invasores contavam com o apoio de índios da região.
As caravelas do novo Governador Geral Duarte da Costa traziam cerca de 250 pessoas. Além do noviço José de Anchieta, fazia parte da esquadra o também jesuíta Padre Manuel da Nóbrega que era seu superior e seria acompanhado por Anchieta no início de sua missão.