O trabalho multidisciplinar da arqueologia permite determinar o posicionamento espacial e temporal dos indígenas em questão. O litoral de Rio de Janeiro tem sido a área mais explorada pela arqueologia no que se refere às tribos indígenas da época do “contato”. A base documental sobre o povoamento no litoral de São Paulo, dá sustentação importante ao trabalho arqueológico sobre a cultura Tupinambá.
A presença indígena em Ubatuba foi comprovada pela arqueóloga Sandra N. Amenomori, do Museu de Arqueologia e Etnologia da USP no seu trabalho "Os Processos de Ocupação dos Grupos Pescadores-Coletores Pré-Históricos nas Ilhas do Litoral Norte de São Paulo". Em pesquisa de campo, realizada em 2002, encontrou fragmentos de cerâmica corrugada e ungulada por ela identificada como pertencente à tradição tupi-guarani, nas praias: Prainha, ou do Engenho, de Dentro, das Palmas e do Leste, o que demonstra a necessidade de estudos histórico-arqueológicos mais profundos sobre a presença humana no período pré-colonial