Mudanças na política; a construção da ferrovia Santos-Jundiaí e, posteriormente, de outras; o deslocamento da produção do café para as férteis e extensas terras do Oeste Paulista, origem da decadência das cidades do Vale do Paraíba (as quais, graças ao escritor Monteiro Lobato ficaram conhecidas como "Cidades Mortas") e, por fim, a Abolição da Escravatura, provocaram uma irreversível mudança na economia brasileira do final do Império e início do Regime Republicano. Essas mudanças na economia alcançaram Ubatuba deixando-a, também, decadente. O Porto foi fechado, extinguiram-se fazendas e ubatubenses deixaram suas terras. As estradas até o Planalto e as plantações foram engolidas pela mata atlântica. Prédios abandonados acabaram em ruínas e desmoronaram. De 1870 a 1932 Ubatuba ficou isolada, suas terras desvalorizadas.
