Filho do desembargador Baltasar da Nóbrega, estudou humanidades no Porto e frequentou como bolseiro régio as faculdades de Cânones de Salamanca e Coimbra, onde obteve o grau de bacharel em 1541. Entrou na Companhia de Jesus, já sacerdote, em 1544, tendo efectuado missões pastorais na Beira e no Minho.A pedido de D. João III, integrando a armada de Tomé de Sousa, chefiou o primeiro grupo de inacianos destinados ao Brasil, onde chegou em 1549.
Defendeu a liberdade dos índios; favoreceu os aldeamentos, em estreita colaboração com o governador; cultivou a música como auxiliar da evangelização; promoveu o ensino primário através das escolas de ler e escrever e fundou pessoalmente os colégios de Salvador, de Pernambuco, de São Paulo, origem da futura cidade, e do Rio de Janeiro, onde exerceu o cargo de reitor. Ajudou a expulsar os estrangeiros da baía da Guanabara, serviu na intermediação entre Tupinambás e portuqueses no espisódio da PAZ DE IPEROIG, contribuindo para o robustecimento do poder central e para a unificação política do território.
O seu pensamento encontra-se expresso nas Cartas, nos Apontamentos e sobretudo no Diálogo sobre a Conversão do Gentio.
Faleceu no Rio de Janeiro, em 1570, no dia em que completava 53 anos de idade.
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